De film begint met Fuyuki Hinata en het Keroro-peloton die een verlaten tempel in de bergtopstad Machu Picchu in Peru verkennen. Tijdens de verkenning zet Keroro per ongeluk een val in werking, en bij toeval vinden ze een verborgen kamer met een groot blauw kristal in het midden, op een standaard met een sleutel erin. Keroro leunt op de sleutel, waardoor de kamer een mysterieuze machine activeert, waardoor de hele tempel trilt. Zodra de groep beseft wat er aan de hand is, rennen ze de kamer uit. Tijdens het rennen verliest Keroro per ongeluk zijn Kero Ball terwijl Fuyuki een vluchtige glimp opvangt van een stralende jonge vrouw terwijl hij naar buiten rent, en vertelt Keroro dat er een meisje in de kamer was, maar hij wordt gedwongen de kamer te verlaten voordat hij kan zeggen nog iets anders. De groep ontsnapt met succes, terwijl het meisje (nu met een paar gloeiende vleugels) hen ziet vertrekken - terwijl ze terug in de kamer zijn, groeit er iets in het kristal...
Nee, helaas is 超劇場版ケロロ軍曹 3 ケロロ対ケロロ 天空大決戦であります！ nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Writing | 横谷昌宏 | Writer |
| Visual Effects | Toshihiko Fukano | Key Animation |
| Visual Effects | Masaru Yonezawa | Key Animation |
| Visual Effects | Susumu Mitsunaka | Key Animation |
| Visual Effects | 矢吹佳陽子 | Key Animation |
| Visual Effects | Tsutomu Nishiyama | Key Animation |
| Visual Effects | 飯野泰造 | Key Animation |
| Visual Effects | 服部聰志 | Key Animation |
| Visual Effects | 内田シンヤ | Key Animation |
| Visual Effects | 松本美雪 | Key Animation |
| Visual Effects | 小嶌エリナ | Key Animation |
| Visual Effects | Yuki Oomori | Key Animation |
| Visual Effects | 稲田真樹 | Key Animation |
| Visual Effects | 錦見楽 | Key Animation |
| Visual Effects | Shinji Nagata | Key Animation |
| Visual Effects | Hiromi Matsushita | Key Animation |
| Visual Effects | 安西俊之 | Key Animation |
| Directing | 山口晋 | Director |
