Diep in een afgelegen gebied van de Johto regio is een plaats met kristalhelder water, verboden bergen en een geheim. Mewtwo en andere gekloonde en superkrachtige Pokémon hebben eindelijk een huis gevonden waar ze kunnen leven en gedijen, ver weg van de nieuwsgierige ogen en harde oordelen van de mensen. In Pokémon: The First Movie, verwijderde Mewtwo alle sporen van zijn strijd met Mew, van zijn bestaan en van die van de andere klonen. Ieders geheugen werd gewist, behalve die van Giovanni's, de kwade kracht achter Mewtwo's ontstaan. De sluwe leider van Team Rocket heeft echter het idyllische toevluchtshaven van Mewtwo ontdekt en wil nog steeds Mewtwo aan zijn wil onderwerpen. Het lot wil echter dat Ash, Pikachu en hun vrienden ook het oord hebben ontdekt.
Nee, helaas is Pokémon: De terugkeer van Mewtwo nog niet beschikbaar op Netflix in Nederland.
| Directing | 日高政光 | Director |
| Writing | 首藤剛志 | Screenplay |
| Sound | 三間雅文 | Sound Director |
| Production | Makiko Iwata | Producer |
| Production | Takemoto Mori | Producer |
| Production | Takayuki Yanagisawa | Producer |
| Production | 吉川兆二 | Associate Producer |
| Sound | 宮崎慎二 | Music |
| Crew | Takaya Mizutani | Cinematography |
| Editing | Toshio Henmi | Editor |
| Art | Katsuyoshi Kanemura | Art Direction |
| Production | 石原恒和 | Production Supervisor |
| Production | Shoji Ota | Production Manager |
| Production | Nobuyuki Wasaki | Production Manager |
| Art | 浅田裕二 | Storyboard Artist |
| Directing | 浅田裕二 | Assistant Director |
| Directing | Koji Fukasawa | Assistant Director |
| Directing | Kiyotaka Itani | Assistant Director |
| Art | Motofumi Fujiwara | Concept Artist |
| Art | Koji Fukasawa | Storyboard Artist |
| Art | Kiyotaka Itani | Storyboard Artist |
| Art | Hiroyuki Jinnai | Other |
| Art | Kunimi Kawamura | Other |
| Art | 森本茂樹 | Concept Artist |
| Art | Atsuko Nishida | Concept Artist |
| Art | Gakuji Nomoto | Other |
| Art | Satoshi Ohta | Concept Artist |
| Art | Muneo Saito | Concept Artist |
| Art | 杉森建 | Concept Artist |
| Art | Hironobu Yoshida | Concept Artist |
| Art | Rena Yoshikawa | Concept Artist |
| Visual Effects | 一石小百合 | Animation Director |
| Visual Effects | 一石小百合 | Character Designer |
| Visual Effects | 岩根雅明 | Animation Director |
| Art | Masahiro Nakazawa | Other |
| Visual Effects | Akihiro Tamagawa | Animation Director |
